El 9 de abril de 1939 se crea la Comisión Pro-Cultos por un grupo de estudiantes que deseaban dar culto a un Cristo Cautivo que primitivamente se encontraba en el desaparecido convento de las RR.MM. Agustinas Recoletas, situado en la actual plaza de Candelaria.

La aprobación canónica de la Cofradía data de 1940 (8 de abril).

Realiza su primera salida procesional en 1940 desde la Iglesia castrense del Santo Ángel, en un paso "prestado" y portado por hermanos cirineos.

Es erigida canónicamente el 11 de mayo de 1946 por decreto del entonces obispo Tomás Gutiérrez Díez, estableciéndose su sede en la Iglesia de la Merced, aunque durante tres años se trasladó provisionalmente, al clausurarse el convento de  Candelaria y estar en obras la Merced, a la Iglesia del Rosario.

En 1951, una vez reconstruida la Iglesia de la Merced, se traslada por Decreto Episcopal a dicha parroquia, en la que actualmente permanece.

La Virgen del Buen Fin procesionó por primera vez en 1950.